git did not exit cleanly (exit code 128)

В одно прекрасное утро пытаешься клонировать к себе репозиторий или обновить существующий, но не тут то было:

fatal: unable to checkout working tree
warning: Clone succeeded, but checkout failed.
You can inspect what was checked out with 'git status'
and retry the checkout with 'git checkout -f HEAD'

git did not exit cleanly (exit code 128)

В интернете нашлось масса ненужной информации и лично мне ничего не подошло, кроме этого хука:

git-pre-commit-hook-windows-filenames с гитхаба.

Кладете хук в папку hook.

Кладете файл test-hook.sh в корень проблемного репозитория, запускаете. После того, как он отработает ошибка пропадет и можно будет спокойно синхронизироваться.